總統府發言人陳以信10日表示，馬英九總統已命秘書長曾永權於10日上午前往拜會中研院院長翁啟惠，轉達總統決定同意翁啟惠於3月29日所提的辭呈，並轉交總統給翁啟惠的信函。
馬總統在信中表示，當初翁啟惠分別以口頭及書面請辭，他並未同意，是因為他認為中研院長職位重要，應以書面提出，且翁啟惠應先回國向他及立法院報告後，再由他決定翁啟惠的去留。
總統指出，翁啟惠回國後，2度到總統府報告，也2度到立法院報告浩鼎案並接受質詢，應已了解各界對浩鼎案及翁啟惠去留均高度關注。綜觀近日相關報導，包括總統當選人蔡英文、中研院前院長李遠哲及朝野政黨及立委都認為翁啟惠應辭職，因此，他在審酌各界期待後，決定同意翁啟惠在3月29日所提辭呈，並由副院長王汎森代理院長職務至下任院長就任為止，絕不致因翁啟惠辭職而造成人事動盪。總統府發言人陳以信：『(原音)為維護中研院聲譽，並在審酌各界期待後，決定同意翁院長3月29日所提辭呈。馬總統將依機關政務首長辭職通例，立即留任3位副院長，並指派王汎森副院長代理院長職務，以維持中研院正常運作，至下任院長產生就任為止。』
總統並在信中指出，對於在中研院新院長遴選過程中引發的爭議，仍備受外界包括立法院質疑。對此，立法院已決議要求總統府與中研院提出書面說明，中研院應適時釐清或補正。此外，針對日前有30多位院士連署提出異議，總統認為中研院亦應正視並研議解決之道。
至於新任院長遴選名單，總統表示，在他與候選人親自面談並徵詢各候選人對中研院未來發展抱負之前，不宜率爾為之，因此希望中研院儘速安排遴選名單上的候選人來府面會，以便他或下任總統依法克盡遴選並任命新任中研院長之責。