翁啟惠是否請辭，近來成為朝野爭相抨擊的焦點，不僅朝野立委紛紛要他請辭，馬英九及蔡英文也要他請辭。對於一位科學家而言，翁啟惠有他不辭的堅持，只是適逢新舊政黨政權交接之際，這位自喻為「生活白痴」國家科技大老，也在這場政權交接中，成為藍綠角力的焦點。
翁啟惠從浩鼎新藥解盲失敗後，便陷入浩鼎交易風波，一路被打著跑。大選時翁啟惠還一度是蔡英文副手的第一人選，不過這位偏愛科技的科學家，最後選擇了科學，婉拒蔡英文的邀約放棄從政，用意即是希望再爭取諾貝爾獎，為自己及台灣爭取最高榮譽。
不過，這位只愛科技不愛政治的科學家，最後仍逃不過台灣政治鬥爭的羽翼，在選後還是被捲入浩鼎交易案，成為藍綠抨擊的焦點；不諳政治鬥爭的翁啟惠，以科技人的思維處理政治，不僅讓自己身陷囹圄，更捲入新舊政府的另一波角力戰，而陷入司法貪污爭議之中。
捲入浩鼎案交易風波的翁啟惠，在各界呼籲下回國說明，他曾在立法院表示，「回來就是要誠實面對，會堅守崗位到最後1分鐘。」但後來遭檢調列為貪污被告，並遭限制出境。
身為中研院長，翁啟惠2度赴總統府面見馬英九，都強調自己的清白，希望馬英九能相信他是清白的，不過對於有政治潔癖的馬英九而言，則是希望翁啟惠能立即自動請辭，以維護清廉政府一貫的堅持。
翁啟惠以怕引起中研院人事動盪為由堅不請辭，但願意以請長假方式跨過520新舊政權交接日，不少人會認為翁啟惠此舉會害了蔡英文，認為翁若在520之前請辭，才不會牽連新政府。
不過若是如此，馬英九應支持並同意其請假，而以非不同意拒絕，馬翁2人第2次會面時長達1小時的會談，難道沒有達成任何共識?而讓翁啟惠在面見馬英九後，仍提出請假至任期結束?
或許馬翁會面雙方並未坦承以對，讓自認EQ不好的翁啟惠，誤解了馬英九的意思，亦或許是翁啟惠受背後高人指點，提出請假策略，但翁啟惠的請辭案，確實讓他陷入另一場藍綠鬥爭，畢竟這位生活白痴的中研院長，不諳政治惡鬥，因此身陷其中還不自知。