台北市長柯文哲29日下午與前總統李登輝會面，會前僅表示是利用台聯與基進側翼結盟前的空檔，與李登輝聊聊天，沒想到一場閉門會議，媒體擠得水洩不通，由於柯先前已宣示上班日市府官員不輔選，但台聯竟打破李、柯會面不公開的協定，柯文哲為此相當不滿，還說被台聯「陰了」，對此，台聯表示，「對媒體有關柯P和李總統會面的行程有諸多誤會，台聯特此澄清，對柯市長造成困擾表示道歉」。
柯文哲下午在與李登輝的會面後，被媒體簇擁離去，媒體追問是否違反自己宣示，「上班時間可以來聊聊天嗎？」、「會不會有被台聯設計的感覺？」，柯文哲僅答「我也不知道為何變這樣」臉色相當難看！
據柯文哲幕僚透露，柯在登上座車後，便打電話訓斥安排行程的幕僚張益贍，並懲處張一個月不准參加晨會，對於柯文哲不滿同時也痛罵台聯把原本的閉門會談，變成公開會面，「整件事都被台聯設計」。
對此，台聯發表聲明如下：
一， 台聯尊重柯市長不參加公開行程，因此柯市長並未參加台聯和基進側翼的發布會。原本規畫記者們在貴賓室外等候，待他們會談後，要離開貴賓室前，再開放記者堵麥採訪。這是原先的規畫。但是因為現場李辦臨時改變原先規畫，導致各方溝通失誤，造成柯市長困擾台聯致上最大歉意。
二， 至於媒體報導李登輝基金會祕書長王燕軍表示不知道李總統今天會見到柯市長一事，台聯表示，黃昆輝主席曾親電李總統報告，27日即送貴賓室的流程給李辦、28日因為流程規畫有若干修正第二次送修正案給李辦。
三， 王祕書長擔任過總統隨扈，若對總統當天行程可能會見那些人都不清楚，有違國安專業。台聯表示不相信王燕軍會這樣說，否則就是李辦作業疏失。
對於台聯指責王燕軍，李辦僅表示，一切將由王燕軍對外說明。